Enfant déjà, Jaden était passionné par le duel de monstres. Sa carte préférée était Yubel, une carte que son père lui avait offerte, mais ce dernier était rarement à la maison, comme sa mère d'ailleurs. Jaden a donc passé son enfance à jouer au duel de monstres avec les autres enfants du quartier. Très vite, ses amis ont donc pris une importance capitale dans sa vie. Mais lorsque Jaden jouait la carte de Yubel, quelque chose d'horrible arrivait toujours à son adversaire, jusqu'à ce qu'un enfant tombe dans le coma. L'esprit de Yubel était devenu si protecteur qu'il en venait à se montrer dangereux envers les adversaires de l'enfant. Pour la sécurité de ses amis, Jaden cessa de la jouer et se concentra sur son deck d'Héros Élémentaires. Il participa par la suite à un concours de conception de cartes, avec succès. Il avait dessiné des monstres néo-spaciens, et les carte furent envoyée dans l'espace pour s'imprégner des ondes spatiales. Jaden demanda à envoyer dans une capsule séparée la carte de Yubel, en espérant que les ondes spatiales puissent la pacifier, et calmer l'esprit maléfique qui s'y trouvait. Avec les annés, Jaden oublia cette carte, et cette histoire.

A l'âge de quinze ans, Jaden voulut entrer à la Duel Académie, la meilleure école de duels de monstres existantes. Evidemment, il était en retard pour passer les examens d'entrée, à tel point qu'il heurta quelqu'un en courant sur la route. Ce quelqu'un, c'était Yugi Muto, la plus grande légende du duel de monstres. Les cartes de Jaden étendues sur le sol, Yugi lui demanda s'il était un duelliste avant de lui donner une carte: Kuriboh Ailé, dont il entendit aussitôt la voix, sans pouvoir situer d'où elle venait. Jaden continua ensuite sa course. Arrivé en retard, il rencontra néanmoins Syrus et Bastien, venus eux aussi passer les examens d'entrée. Le comité d'inscription accepta de laisser Jaden faire un duel, mais pas contre un simple examinateur: le Dr Crowler, le directeur adjoint. Et à la surprise de tous -sauf de lui-même-, Jaden parvint à le vaincre avec une certaine aisance. Une finalité qui ne dut pas plaire à Crowler, puisque Jaden fut envoyé dans le dortoir des Rouges Slifer, le dortoir la moins bien classé de l'académie, après les Jaunes Râ et les Bleus Obelisk. Il partageait son dortoir avec Syrus, qui devint son meilleur ami, comme un petit frère à ses yeux, et un garçon nommé Charlie. Dès ses premiers jours, il défia plusieurs duellistes de l'académie: Chad Princeton, autoproclamé meilleur duelliste, qui se mit en tête que Jaden était son principal rival, Alexia Rhodes, une adversaire très intéressante avec qui il arrivait parfois que Jaden ait d'étranges sensations qu'il ne pouvait expliquer, et sur lesquelles il ne s'était jamais attardé, Bastien, mais aussi Zen, le frère aîné de Syrus, considéré comme le meilleur étudiant de l'académie. Bleus Obelisk, Jaunes Râ ou Rouges Slifer, Jaden défiait tout le monde, sans distinction, et gagnait généralement ses duels. A l'exception de Zen, qui restait d'un niveau tout autre. Peu assidu dans les cours théoriques, Jaden brillait particulièrement en pratique. Il se découvrit également la capacité de voir et de parler à ses cartes, et son monstre favori était Ailes de Feu, un monstre fusion entre deux Héros Élémentaires.

Le doyen Sheppard confia à sept étudiants, dont Jaden, une Clé de l'Esprit, qu'ils devaient protéger contre l'organisation des Cavaliers de l'Ombre, dont l'objectif était de libérer les cartes des Bêtes Sacrées. Jaden supposa qu'il serait le premier ciblé, à cause de sa condition de Rouge Slifer qui le plaçait automatiquement dans la catégorie des duellistes les moins forts de l'école. Parmi les sept Gardiens de l'Esprit se trouvent également Alexia, Chad, Zen et Bastien. Lorsque le premier cavalier de l'ombre s'en prit à Syrus et Charlie, Jaden fonça pour les protéger, accompagné d'Alexia. Le premier Cavalier de l'Ombre n'était autre qu'Isidore, le frère d'Alexia, et était possédé par le Masque des Ténèbres. Isidore perdit son duel contre Jaden et tomba dans le coma. Les différents cavaliers de l'ombre se succédèrent, vaincus par les différents gardiens des clés, faisant des dégâts à certains, jusqu'à ce qu'il n'en reste plus qu'un seul.

L'un de leurs professeurs, Mr Banner, disparut alors qu'Alexia et Chad perdirent leurs duels contre le dernier cavalier de l'ombre, que Jaden, possédant la dernière clé de l'esprit affronta ensuite. Il reconnut Mr Banner, qui perdit le duel et devint une boule d'énergie et se fit manger par son propre chat, Pharaon. Avec la défaite des Cavaliers de l'ombre, leur chef apparut. Il s'agissait de Kamegaru, le directeur de l'académie, un vieil homme qui cherchait à retrouver sa jeunesse perdue. Néanmoins, malgré l'utilisation des cartes des Bêtes Sacrées, Kamegaru perdit son duel contre Jaden, et les Bêtes Sacrées furent renvoyées en sécurité. Pharaon, lui, avait élu domicile auprès de Jaden, et parfois, la boule d'énergie de Mr Banner en sortait pour lui prodiguer quelques conseils.

A l'examen de fin d'année, Charlie échoua, et Jaden le soutint avant son départ de l'académie. Il fut choisi par Zen pour son duel de fin d'étude, et la partie se termina par un match nul. Jaden avait déjà bien progressé au cours de l'année.
L'année suivante, on proposa à Jaden de changer de dortoir pour aller dans un mieux classé, mais il refusa, considérant que le dortoir des Rouges Slifer était le seul où il était véritablement chez lui. Il rencontrera Cricket, un nouvel élève possédant de l'ADN de dinosaure, et affronta sans le savoir un duelliste professionnel, Aster Phoenix. Ce dernier le laissa gagner, ce qui ne convint pas à Jaden, qui le redéfia. Lorsqu'Aster joua ses cartes Héros de la Destinée, Jaden perdit le duel, et par la même occasion, il perdit sa capacité à voir ses cartes. Il sombra dans une profonde dépression qui le poussa à quitter la Duel Académie en bateau. Mais ce dernier s'échoua, et Jaden se réveilla sur la plage, où il fit la rencontre des monstres Néo-spaciens qu'il avait dessiné lorsqu'il était petit, et qui venaient de rentrer de leur voyage dans l'espace. Il les ajouta à son jeu et retrouva l'envie de faire des duels de monstres. Il défia à nouveau Aster Phoenix, et cette fois, il remporta le duel. Son nouveau monstre favori était désormais Néos, le Héros Néo-Spacien.
Lorsqu'Aster et Jaden arrivèrent à la Duel Académie, toute l'école avait été hypnotisée par Sartorius, le manager d'Aster, qui avait créé la Société de la Lumière avec les étudiants. L'objectif de Sartorius était de prendre le contrôle d'un satellite spatial pour détruire le monde et en recréer un nouveau, sous le joug de la Lumière, une force antique cherchant la destruction. Il avait obtenu les clés du satellite en enrôlant dans sa Société de Lumière l'homme qui possédait les clés du satellite. Sartorius, habité par la Lumière, possédait néanmoins une seconde personnalité, celle qu'Aster avait toujours connu. Cette seconde personnalité donna à Jaden et à Aster les deux clés du satellites afin d'empêcher la Lumière de détruire le monde. Aster fut le premier à affronter Sartorius, mais il perdit son duel. Il ne fut cependant pas hypnotisé par la Lumière comme les autres, mais il perdit beaucoup de ses forces, suffisamment pour être retenu en otage par Sartorius pour forcer Jaden à lui donner sa clé. Jaden céda pour sauver Aster, avant de lancer un duel de Monstres pour tenter de récupérer son ami. Sartorius avait la capacité de lire l'avenir et la destinée, mais le jeune duelliste n'y croyait pas le moins du monde. Selon la Lumière qui possédait Sartorius, Jaden incarnait le pouvoir des Ténèbres, et avait la capacité de changer le Destin. Grâce à ses nouveaux monstres Néo-spaciens, et aux conseils de Néos, Jaden parvint à retourner la situation et à libérer la Duel Académie, ainsi qu'à protéger le satellite.

Pour débuter sa troisième année à l'académie, de nouveaux élèves arrivèrent des autres écoles. Jesse, de l'académie du Nord, était, selon la direction "le frère jumeau de Jaden, sauf qu'il s'habille en bleu". Ce dernier possédait le jeu des Bêtes Cristallines, un jeu légendaire qui, selon les dires, choisissaient elles-mêmes leur propriétaire. Jaden et Jesse avaient énormément de points communs, et avaient tous deux l'impression étranges de s'être déjà rencontrés auparavant, sans que cela ne soit pourtant le cas. Ils partageaient l'amour du duel, l'excitation grisante face à un adversaire très fort, et leur joie de vivre suffisamment marquée. On pouvait également noter l'arrivée de Jim Cook, Axel Brodie et Adrien Gecko, transférés des autres académies de Duel à travers le monde. Avec eux est également arrivé le professeur Thésalonixus. Les intentions de ce dernier étaient loin d'être bonnes envers les étudiants de l'Académie. Il les força à porter un bracelet qui drainait leur énergie, dans l'idée de faire revenir à la vie un esprit démoniaque cherchant à se venger de Jaden, et qui lui avait promis de faire revenir son fils s'il l'aidait. Adrien enquêtait depuis le départ sur les agissements du professeur, suspicieux, il avait compris avant chacun l'utilité des bracelets. Lorsque les plans de Thésalonixus furent découverts, il avait cependant déjà drainé suffisamment d'énergie pour revenir à la vie et déplacer la Duel Académie dans une autre dimension, où les monstres de duels étaient bien réels, afin de s'emparer des cartes des Bêtes Sacrées. Par ailleurs, l'esprit démoniaque avait pris possession de Julien, un étudiant de première année. Ceux qui perdaient un duel contre lui devenaient un zombie, qui contaminaient à leur tour les étudiants en bonne santé. Syrus et Chad furent vaincus, et rejoignirent les zombies. Le groupe découvrit que Bastien se trouvait dans cette dimension depuis un certain temps, suite à une expérience qui avait mal tourné. Ce dernier leur révéla que la carte du Dragon Arc-en-ciel, manquante dans le jeu Bêtes Cristallines de Jesse, était la clé pour quitter cette dimension, et qu'avec son aide, et suffisamment d'énergie de duels, ils pourraient renvoyer la Duel Académie dans sa dimension originelle. Il fallait par la même occasion empêcher l'esprit maléfique de s'emparer des Bêtes Sacrées. Ces Bêtes étaient, en plus de cela, également convoitées par Adrien, qui s'empressa de retrouver le Julien possédé et de l'affronter, mais il perdit son duel. Jaden se lança à la rescousse des Bêtes Sacrées tandis que Jesse et les autres cherchaient à récupérer la carte du Dragon Arc-en-ciel. Mais Jaden arriva trop tard, et les Bêtes Sacrées étaient déjà libérées. Il rejoignit donc Jesse, qui avait récupéré la carte du Dragon Arc-en-ciel, et ils l'affrontèrent ensemble. Au cours du duel, Jaden réalisa que l'esprit maléfique n'était autre que Yubel, la carte qu'il avait envoyée dans l'espace lorsqu'il était enfant. Cette dernière lui en voulait terriblement de l'avoir abandonnée et cherchait à se venger. Yubel était par ailleurs extrêmement jalouse de Jesse, avec qui Jaden semblait "s'amuser plus qu'avec elle". Elle chercha dès lors à lui faire du mal par tous les moyens possibles, et Jesse joua la carte du Dragon Arc-en-Ciel avant de se sacrifier pour renvoyer la Duel Académie dans sa dimension d'origine.

A peine de retour dans leur monde, Jaden culpabilisait déjà énormément d'avoir laissé Jesse se sacrifier. Alors, il chercha à retourner dans l'autre dimension pour ramener son ami, entraînant avec lui tous ses amis. Ils emportèrent un portail qui s'était ouvert dans la forêt grâce à l'énergie de leurs monstres, sans même savoir si ce portail les mènerait bien dans le Monde des Esprits. Un portail si puissant que Zen et Aster, qui regardaient de loin furent emportés eux aussi, rejoints plus tard par Crowler et Adrien. Dans cette dimension où les monstres régnaient en maître, perdre un duel signifiait être "envoyé dans les étoiles". Une armée des Ténèbres cherchaient à éradiquer tous les duellistes de la dimension, et les provoquaient en duel avec assurance. Jaden était loin d'abandonner, et les affronta, les battant un par un. Mais l'un des duels tourna mal, très mal. Cricket, Chad, Alexia et Isidore furent prisonniers. Dès que Jaden attaquerait, l'un d'entre eux serait envoyé dans les étoiles. Mais Jaden ne pouvait faire un duel complet sans attaquer, et il fut contraint de sacrifier ses amis pour sauver sa propre vie. Suite à cela, ses amis restants l'abandonnèrent. Jim, Axel et Syrus quittèrent les côtés de Jaden pour mener leur propre chemin, laissant le jeune duelliste seul avec ses démons et sa culpabilité.

Dans les ténèbres de son âme, l'esprit de l'Ultime Souverain émergea, alimenté par sa culpabilité et sa rage. Les yeux de Jaden prirent une teinte jaune et il portait désormais une armure noire pourvue de piques. Sa voix avait changé, c'était celle de l'Ultime Souverain. Son deck se transforma également, devenant un deck de Héros Maléfiques. L'Ultime Souverain commença à semer la terreur dans le monde des Esprits, appuyé par l'Armée des Ténèbres, qui voyait en lui le leader qu'ils attendaient depuis longtemps. Il lança sa nouvelle armée contre les duellistes qui vivaient dans ce monde, et ses actes ne passèrent pas inaperçu: ses amis vinrent à lui, pour découvrir l'identité de celui qui causait tout ce chaos. Il fut pour eux difficile à croire que Jaden soit l'Ultime Souverain. Le véritable Jaden était prisonnier de sa culpabilité, de ses émotions, isolé et rongé par ses sentiments. Jim affronta l'Ultime Souverain avec l'espoir de le remettre sur le droit chemin, mais il perdit le duel à cause de la nouvelle carte de Jaden, Super-Polymérisation, ce qui l'envoya à son tour dans les étoiles. Pour ramener Jaden à la raison, Axel se sacrifia, et fut envoyé dans les étoiles, mais le duel se termina sur un match nul. L'Ultime Souverain fut, lui aussi, envoyé dans les étoiles, mais pas Jaden, qui reprit connaissance.

Jaden avait perdu tous ses amis, à l'exception de Syrus, Aster et Zen. Mais il n'était pas encore au bout de ses peines. Adrien souhaitait invoquer un monstre légendaire et sacrifier sa meilleure amie pour cela. Aster s'y opposa, alors Adrien le défia, et gagna le duel, envoyant Aster dans les étoiles. Lorsque Jaden retrouva enfin Jesse, ce dernier était possédé par Yubel, et il se battait en duel contre Zen. A cause de problèmes cardiaques, Zen perdit le duel, et rejoignit les étoiles, laissant son petit frère Syrus sous la surveillance fraternelle de Jaden. Ce dernier se précipita pour affronter Yubel et sauver Jesse. Il avait tant perdu pour cela, il ne pouvait pas abandonner maintenant Mais Jaden était terrifié par les pouvoirs de l'Ultime Souverain qui dormaient en lui, et il avait peur d'utiliser Super-Polymérisation, une carte avec laquelle il a fait tant de mal, et envoyé ses amis dans les étoiles. Réticent, Jaden se retenait, n'osait pas jouer avec toutes ses tripes, pour la première fois, un duel le terrorisait. L'esprit de Jesse était prisonnier de la carte du Dragon Arc-en-Ciel des Ténèbres, et avec toute la force de sa volonté, il parvint à l'atteindre pour le libérer, en utilisant la carte Super-Polymérisation qui le terrifiait tant. Yubel reprit sa véritable forme et délaissa Jesse. Yubel fit exploser la carte qui se trouvait à côté de Jesse, et Jaden traversa le terrain sans hésiter pour éloigner son ami de l'explosion. L'esprit s'envola ensuite vers les étoiles, attendant que Jaden le suive pour terminer le duel dans les étoiles. En montant, Syrus découvrit que ses amis n'étaient pas morts, mais enfermés dans une autre dimension. Lorsqu'il le dit à Jaden, sa culpabilité s'amoindri, sa colère se calma. Au fur et à mesure, Jaden parvint à dominer sa peur, et à accepter que l'Ultime Souverain faisait partie de lui, et il utilisa son pouvoir pour se battre contre Yubel, tout en le gardant sous contrôle. Yubel lui donna une vision, qui lui apprit que son ancêtre était l'Ultime Souverain, et que Yubel en était la gardienne. Elle avait toujours voulu le protéger, et elle s'était simplement perdue en chemin. Elle avait souhaité, depuis toujours, que son protégé apprenne à se servir du pouvoir de l'Ultime Souverain pour être plus fort. En réalisant cela, Jaden utilisa la carte Super-Polymérisation pour faire fusionner son esprit avec celui de Yubel, reliant ainsi l'esprit de l'Ultime Souverain et de son Gardien pour l'éternité. Elle redevint son ange gardien, et ils purent tous retourner à la Duel Académie. Quant à ceux envoyés dans les étoiles, la fusion de Jaden et Yubel les libéra.

De retour à la Duel Académie, Jaden était devenu un jeune homme renfermé et indépendant. Il passait la plupart de son temps seul, avec Pharaon. Il avait perdu l'amour des duels, n'avait plus envie de se battre. Finalement, Jaden décida de quitter la Duel Académie pour ne plus la mettre en danger. Il alla déposer sa démission, mais le doyen lui demanda d'abord d'aller voir Sartorius et Kamegaru. Ces derniers lui annoncèrent que les Ténèbres étaient de retour, et qu'ils souhaitaient que Jaden reste à la Duel Académie pour les sauver de ce danger. Jaden accepta, et sur le chemin du retour, il affronta Yusuke, un jeune homme qui semblait avoir hypnotiser les autres pour leur faire croire qu'il était avec eux depuis le début. Mais grâce au pouvoir de Yubel, Jaden pouvait voir qu'il n'était pas un humain. Il le battit, et rencontra Trueman, qui semblait être affilié aux Ténèbres. La remise des diplômes approchait, et des activités diverses étaient organisées, que la compétition de duels en équipe. Jaden fit équipe avec Alexia, mais sa perte d'amour pour les duels le rendait complètement hermétique au jeu de sa partenaire. Il se contentait de jouer pour finir le duel le plus rapidement possible et passer à autre chose. Cela finit par agacer Alexia, suffisamment pour qu'elle lui rappelle qui il était. Elle se ligua contre lui au cours d'un duel, et grâce à elle, il retrouva en partie le plaisir de jouer. Elle revint de son côté du terrain, et ils purent battre leurs adversaires avec une cohésion remarquable. Jaden redevenait lui-même, petit à petit.

Lorsqu'il se rendit compte que Yusuke est en réalité un esprit de carte qui cherchait à récupérer son maître tombé dans les Ténèbres, il comprit les intentions de Trueman: se débarrasser de Jaden et de l'esprit. Jaden retrouva Jesse, tous les autres ayant été enlevés dans le monde des Ténèbres, et ensemble, ils affrontèrent le véritable Yusuke possédé par les Ténèbres. Ce dernier tente de les monter l'un contre l'autre. Ne pouvant s'en prendre à Jaden à cause de l'esprit protecteur de Yubel, il se concentre sur Jesse, dont la volonté secrète est de battre Jaden au cours d'un duel. Cela semble fonctionner, Jesse attaque Jaden, qui l'attaque en retour, avant qu'ils n'éclatent de rire. Cette petite mascarade était certes amusante, mais ils avaient un duel à gagner. Les Ténèbres n'avaient pas envisagé que des humains aient pu accepter et dominer leurs parts de ténèbres, et être capables de vivre avec. Ils battirent Yusuke, grâce au sacrifice de Jesse et à l'amitié profonde qui les liait. Jesse et Yusuke furent eux aussi enlevés dans le monde des Ténèbres, et Jaden affronta les Ténèbres eux-mêmes au cours d'un ultime duel. Les Ténèbres affirmaient être la suite logique des événements, que les humains étaient prisonniers de leurs propres vies et détruisaient le monde. Que tous avaient choisi de vivre dans le silence des Ténèbres pour se défaire de leurs douleurs et de leurs sentiments. Une réalité que Jaden ne pouvait concevoir, et qui le poussa à se battre, aidé par l'esprit de Yubel, qui lui proférait de précieux conseils. Yubel permit à Jaden de gagner le duel, et les Ténèbres furent enfin vaincues.

Jaden décida de quitter la Duel Académie, désormais diplômé. Mais l'esprit de son Kuriboh Ailé l'amena dans la salle où était exposé la copie du deck de Yugi Muto. Ce dernier sortit de l'ombre, et lui affirma ses progrès, mais également que Jaden avait perdu quelque chose qu'il devait retrouver. Il envoya Jaden dans une autre dimension, où il rencontra le jeune Yugi, et l'affronta en duel. A l'aide des yeux de Yubel, Jaden remarqua qu'il y avait dans son deck les cartes des Bêtes Sacrées. Lorsque le pharaon Atem rejoignit la partie, Jaden comprit qu'il était en train de retrouver ce qu'il avait perdu: le plaisir de faire des duels. Une fois le duel terminé, Jaden retrouva sa véritable dimension, et partit à travers le monde pour affronter les meilleurs duellistes. Il découvrit rapidement que le chat, Pharaon, ainsi que l'esprit du professeur Banner, s'étaient glissés dans son sac pour l'accompagner dans son voyage, avec une lettre de ses amis.

Alors qu'il venait de s'établir un campement et avait fait brûler un feu pour se réchauffer, il remarqua, en levant les yeux au ciel, que la lune était aussi rouge que sa veste. Et ni une ni deux, le voilà assis non pas devant son bon feu, mais au milieu d'une rue en plein centre-ville. Et ben, en voilà des manières ! Il n'avait plus que son sac à dos, le chat qui y était planqué, l'esprit de Mr Banner qui était lui-même planqué dans le chat, et son disque de duel ainsi que ses cartes. Le voilà encore dans de beaux draps. Mais l'endroit semblait... calme. Alors, il décida d'y rester, de toute façon, tout le monde ici disait qu'ils ne pouvaient pas sortir. Qu'à cela ne tienne. Jaden irait donc de l'avant. Il se trouva un appartement pas trop cher dans le quartier de Hogwarts Place, le quartier le plus tranquille et le plus accessible qu'il trouva, et se mit à chercher des petits boulots. Le hasard le mena au Physical Kid's Cottage, une auberge tenue par un type un peu excentrique, mais pas autant que le Dr Crowler, où il décida de postuler. Pour l'instant, Jaden se contente de vivre au jour le jour, et de ne pas s'inquiéter du lendemain. Ni de sortir de cette ville. Il verra bien où ses pas le mèneront... La seule chose qui l'inquiétait réellement, c'était qu'il n'était plus capable de voir Mr Banner, ni de ressentir la présence de Yubel, ou la force de l'Ultime Souverain... Et il s'était, étrangement, habitué à tout ça. Mais le pire, c'était sans doute qu'il ne pouvait plus voir l'âme de ses cartes. Il se sentait complètement coupé de tout ce qu'il avait toujours connu, et même s'il avait voulu s'en éloigner, la présence de ces êtres mystiques faisait partie de lui.