Pour la toute première fois depuis très longtemps, Desmond Miles rouvre enfin les yeux. Il ne sait plus depuis combien de temps il est revenu du royaume des morts, enfin dans le gris, il y a huit années, avant de devenir ce que l'on nomme un être de lumière, que l'on nomme également le lecteur. Mais cela n'enlève rien à tout ce qu'il a commis, il a regretter énormément tout ce qu'il a fait, ce qu'il aurait du faire au tout début. S'il avait accepté son destin d'Assassins, rien de tout ceci ne serait arrivée. Il avait affronter les Templiers après être sortie de la multinational Abstergo Industries, en Italie.

Après avoir explorer les mémoires de son ancêtre Altail, il a revécue les souvenirs d'Ezio, pour pouvoir trouver une pomme d'Eden, une relique de la toute première civilisation. Il revivra les souvenirs d'Ezio, son ancêtre Italien qui a affronter les Templiers pendant la renaissance Italienne.

Lorsqu'il verra son ancêtre dans l'animus, découvrir l'emplacement de la relique, lui et ses amis dans l'époque moderne part à la recherche de l'énigme, et au final, après avoir affronter des épreuves, il tuera Lucy qui se révèle être une Templière, en la tuant avec sa lame secrète sous la salle secrète du colisée, avec la Pomme d'Eden.

En réalité, Desmond a été sous l'influence de Junon, c'est cette dernière qui l'obligera à le faire. Dans les entrailles de l'animus, il retrouvera le sujet 16, dans son apparence humaine, ce dernier veillera sur lui en créant des diversions pour l'animus, afin que ce dernier ne le supprime pas. Il revivra pour la toute dernière fois les mémoires d'Ezio, mais cette fois dans la célèbre forteresse du levant, celle d'Altair.

Et à la fin, il sortira du coma après trouver un nexus temporel, et de se rendre finalement au grand temple à New York. Une fois arrivée là-bas, il revivra tout d'abord les mémoires de son ancêtre Haytam Kenway qu'il pensait être un Assassin, avant d'apprendre que ce Haytam était en réalité un Templier, puis ce sera au tour de revivre les mémoires de son ancêtre Conor Kenway, le fils de Haytam Kenway.

Dans le monde présent, il ira aussi sur le terrain récupérer trois sources d'énergie, afin de pouvoir alimenter le temple. Tout d'abord à Manhattan, puis à Sao Paulo au Brésil. Il affrontera Daniel Cross, un grand maître Templiers, anciennement un Assassins.

Puis il apprendra également que les Templiers ont capturer son propre père, et ces derniers inviteront l'Assassin à échanger la vie de son père, contre la pomme d'Eden. Il arrive finalement à Abstergo, au même endroit ou quelques mois auparavant, il avait été captif.

Il tuera plusieurs agents des Templiers, il tuera même Daniel Cross, l'un des deux grands maîtres de l'ordre des chevaliers du Temple, avant d'éliminer Warren, un autre maître des Templiers, et les autres gardes en utilisant la pomme pour qu'ils puissent finalement s'entre-tuer tous en même temps. Puis une fois l'artefact récupérer, et d'avoir sauver son cher père, il retournera au grand temps et finira les mémoires de Connor, afin de récupérer la clé.

Une fois fait, lui et les autres Assassins réussiront finalement à franchir l'obstacle qui se trouvait sur son chemin. Vous connaissez la suite. Minerve finira par faire son apparition, Junon sera également présente. Plusieurs minutes plus tard, il fera ses adieux à son père et à ses amis, et sauvera le monde en se sacrifiant.

Après sa mort, il ira dans le gris, pendant huit années, avant de devenir le lecteur. Il fera par la même occasion la rencontre de Basim alias Loki, il l'aidera dans ses calculs. Puis finalement, il fera la rencontre de Leila Hassan, une Assassins, anciennement membre d'Abstergo. Finalement, ils finiront par travailler ensemble.

Mais aujourd'hui, il retrouve la joie de vivre, de retour dans le monde des vivants, et cela dure depuis maintenant quatre ans. Il a finalement retrouver un boulot de serveur, il gagne très bien sa vie, mais le plus surprenant, c'est d'avoir vu sa lame secrète, elle venait de revenir vers son propriétaire, et il décidera de poursuivre également son boulot d'Assassins, en plus de faire son job de Barman.

Il aimerait bien revoir Layla Hassan, il se demande ce qu'elle a pu faire, après qu'il a fait son retour à la vie. Mais depuis qu'il a fait son retour, il y a pratiquement cinq ans, il a encore des brides de souvenir, parfois des absences, mais il a conserver tous les souvenirs qu'il avait avant sa mort, et maintenant qu'il a le droit à une deuxième chance, il ne va pas la mettre en l'air. Entre barman pendant la journée, et Assassins, il a de quoi faire, mais il a aussi compris qu'il avait perdu tout ses pouvoirs à cause de cette lune rousse.