Nathan Scott est né le 15 Août 1988 de Deborah Lee et Dan Scott à Tree Hill. Depuis sa tendre enfance, il joue au basket, ce sport ayant eu un très grand intérêt durant tout sa vie. En apparence, il a l'air de vivre dans une famille parfaite, riche, aimante mais tout n'est pas rose à la maison, ses parents se disputent souvent concernant son demi-frère, Lucas, de ce fait il le déteste en parti pour ça. La situation professionnelle et financière de ses parents lui a garanti une certaine aisance lui ayant facilité un peu la vie mais la rendu égoïste au début de la série.

- Vers l'âge de neuf ans, Nathan participe à un camp de vacances spécial sur le basket de Michael Jordan, son père est là le premier jour et vante ses mérites auprès de ce dernier, ce qui le pousse à choisir Nathan pour jouer en un contre un contre lui. La passion de Nathan pour le basket avait commencé quelques temps avant et s'est donc amplifié depuis ce jour. Il jouera dans plusieurs équipes de basket durant son enfance, dont les Tree Hill Tigers et son équipe de collège, où Lucas jouera un match lui aussi avant de quitter l'équipe, ayant le basket en commun.

- Nathan, un peu arrogant sur les bords, se croyant intouchable, intègrera le lycée de Tree Hill où il devient rapidement la star de l'équipe de basket, les Ravens, de plus il sortira avec une pompom girls, Peyton. Il se fera une bande d'amis composé de Peyton, Tim, Brooke et des joueurs de l'équipe de basket. Lors de sa première année de lycée, Nathan fera une fête avec des élèves de dernière année et perdra sa virginité avec Taylor James, la grande sœur d'Haley.

- Lors de sa troisième année, Lucas intègre l'équipe des Ravens ce qui va déstabiliser Nathan. Ce dernier ayant l'impression que son demi-frère tente de lui voler ce qu'il a de plus précieux, le basket et qui plus est sa petite amie, Peyton (dont la relation n'est pas glorieuse) avec qui ce dernier s'entendra plutôt bien. Il commence à embêter Lucas, lui faisant les pires coups, espérant que ce dernier se lasse et quitte l'équipe, mais Lucas tient le coup et n'abandonne pas. Nathan monte alors un plan pour énerver Lucas, il commence à draguer la meilleure amie de ce dernier, Haley, il lui demande des cours de soutien comme il risque de se faire éjecter de l'équipe de basket pour de mauvaises notes. Haley accepte à deux conditions, Lucas ne doit rien savoir et Nathan doit laisser son meilleur ami tranquille, ce qu'il finit par accepter. La relation de Peyton et Nathan se casse de plus en plus la figure et Peyton y met finalement un terme parce que ce dernier est trop égoïste et ne penses qu'à lui. Nathan et Haley commencent finalement à tomber amoureux l'un de l'autre mais Lucas n'aime pas du tout cette idée. Après avoir commit quelques erreurs, Nathan finit par avouer ses sentiments à Haley, la jeune femme décidant de lui laisser une seconde chance, le couple est officiellement ensemble, même si Lucas n'est pas super fan de ça, il fait confiance à sa meilleure amie.

- Nathan va rencontrer des difficultés familiales, il va prendre de la drogue pour améliorer ses performances sportives parce qu'il ne supporte plus la pression que son père exerce sur lui, le poussant sans cesse à faire plus au basket. Suite à son séjour aux urgences, sa mère comprend le réel impact de son mari sur son fils, souhaitant en autres le quitter. La relation de Dan et Nathan continue à se détériorer tandis que Nathan se rapproche petit à petit peu de Haley et de Lucas. Ne supportant plus de devoir choisir entre son père et sa mère, Nathan se fait émanciper et va vivre dans son propre appartement, découvrant au passage ce que c'est réellement la vie avec ces problèmes d'argent. Il finira par se marier avec Haley en toute intimé, la jeune femme venant vivre avec lui. Tandis qu'il travaille en tant que mécanicien dans la concession/garage de son père tenu par son oncle Keith, celui qui a réellement élevé Lucas, Haley se lance dans une carrière musicale mais Nathan est jaloux de la complicité qu'elle a avec un musicien, Chris Keller. Leur couple va être mit à mal et lorsqu'il apprend qu'Haley a embrassé Chris et que ce dernier lui propose de l'accompagner en tournée, Nathan lui pose un ultimatum, lui, ou la tournée. Haley, blessée, choisi la tournée.

- Le jeune homme est dévasté par le départ de sa femme et commence à s'autodétruire, il arrive saoul au lycée, agresse son père et laisse Lucas se faire accuser pour ses délits. Nathan finit par prendre conscience de ses actes et va rendre visite à Haley en tournée dans l'espoir de la ramener à la maison, mais cette dernière ne le suit pas et Nathan rentre seul chez lui. Plus tard, il tentera alors de se suicider sur un circuit de course, alors que son oncle Cooper est venu pour lui changer les idées, son petit coma lui permettra de comprendre certaines choses et il décidera de soutenir sa mère dans sa cure de désintoxication. Il va revenir vivre chez son père, mais ce dernier va lui faire un chantage : il accepte de payer ses factures d'hôpital si il annule son mariage avec Haley, ce qu'il n'acceptera pas et quittera son père pour vivre avec sa mère (au passage il aura quelques problèmes avec son frère). Haley revient à la maison mais Nathan ne parvient pas à la pardonner de suite mais l'aide tout de même en cachette pour sa musique. Il finira par lui pardonner ainsi qu'à Lucas, lorsqu'il apprend la vérité sur l'incendie de la concession de son père, il a du mal à y croire en premier lieu, c'est sa mère le coupable mais il finira par lui pardonner également.

- Un jour au lycée lorsque Jimmy apporte une arme au lycée et fait une fusillade, Nathan retourne volontairement dans le lycée, sachant qu'Haley est à l'intérieur, Lucas le suit alors pour l'aider qui retrouvera Peyton blessée. Il sera retenu en otage dans le centre de tutorat par Jimmy avec plusieurs de ses camarades et amis. La fusillade se termine par les morts de Keith (venu aider Lucas) et Jimmy. Réalisant que la vie est trop courte, Nathan demande à Haley de renouveler leurs vœux devant leurs familles et leurs amis, ce qu'elle accepte avec joie. Leur mariage est magnifique mais malheureusement, sur le chemin de l'aéroport, ils manquent de rentrer en collision avec une autre voiture conduite par Cooper se disputant avec l'une de ses conquêtes Rachel, une des camarades de classe de Nathan. Leur voiture tombe dans l'eau et Nathan plonge pour sauver son oncle mais reste bloquer dans la voiture, il parviendra finalement à les sauver en étant persuadé d'avoir vu Keith sous l'eau. Ce qui poussera Rachel à lui faire des avances en s'appuyant sur le fait qu'elle la vu aussi, mais heureusement il ne cèdera pas.

- Plus tard, Nathan recevra une bourse de l'université de ses rêves, Duke, le même jour, Haley lui annoncera qu'elle est enceinte de lui. Bien qu'il soit surpris et en colère qu'elle ne lui ai pas dit de suite, il lui montrera son bonheur et lui assura qu'il sera là pour eux. Le couple rencontrera de grandes difficultés financières malgré le travail d'Hayley au café de Karen, la mère de Lucas, ce qui poussera Nathan a emprunter de l'argent à un mauvais gars, qui lui fera du chantage, perdre des matchs pour le rembourser. Malheureusement, comme Nathan refusera de perdre l'un des matchs qualifiés, Dante tentera de tuer ce dernier en voiture mais c'est Haley qui se fera renversée. Cette nuit là sera particulièrement choquante, Lucas fera une crise cardiaque du à ses problèmes de cœur parce qu'il a trop forcé durant le match, Nathan frappera Dante et c'est son père qui portera le chapeau de la mort de ce dernier (qui sera finalement innocenté parce que Dante est mort durant l'accident). Haley et le bébé s'en sortent vivant et Lucas sort du coma assez rapidement.

- La vie n'est pas toute rose pour Nathan, de un sa mère tentera de se suicider, de ce fait, avec Haley ils iront vivre chez cette dernière et de deux il devra faire face aux paris illégaux auquel il a participé et perdra sa bourse pour Duke. Il apprendra également que ce n'est pas Jimmy qui a tuer Keith mais Dan, de ce fait il ne voudra plus jamais le revoir. Leur coach de basket, récemment devenu coach universitaire recrutera Lucas en tant qu'assistant coach et Nathan comme joueur. Durant leur remise de diplôme, Haley a des contractions et accouche plus tard d'un petit James Lucas Scott, surnommé Jamie. Nathan et Haley décide de mettre Brooke et Lucas comme marraine et parrain, Karen donnera naissance à une petite Lily, qui est la fille de Keith. Lucas et Nathan prennent également la décision de ne jamais rendre visite à Dan en prison.

- A l'université, Nathan devient vite une star dans l'équipe des Gilmore Cobras, coaché par Whitey et Lucas, il remporte le titre universitaire. Ce dernier le met en garde à plusieurs reprises concernant son tempérament de bagarreur, il lui affirme faire attention. Mais alors qu'il intègre la grande université de Maryland, peu de temps après il se retrouve une nouvelle fois dans une bagarre qui se finit mal pour lui, Nathan se retrouve en fauteuil roulant brisant sa carrière de basketteur professionnel. Quelques années passent, n'acceptant pas sa situation, il deviendra dépressif, alcoolique, laissant sa femme et son fils. Après avoir réalisé son absence envers Jamie grâce à l'aide de Lucas, il décide de reprendre sa vie en main en arrêtant de boire et reprend gout à la vie, il recommencera également à jouer au basket doucement avec Jamie et retrouve la marche petit à petit.

- Lucas et Haley demanderont de l'aide à Nathan pour un élève difficile, Quentin, qui se trouve être ce qu'était Nathan au même âge que lui. Il deviendra alors le mentor de Quentin. Mais la vie décide encore de leur mettre des bâtons dans les roues, Carrie la nounou de Jamie, va développer une obsession pour lui et Jamie, faisant croire à Haley que Nathan la trompe...les poussant à se disputer, ne faisant pas attention à Jamie qui manqua de se noyer. Ca sera la goutte de trop pour la jeune femme qui annonça à Nathan vouloir divorcer. Mais lors du mariage de Lucas avec Lindsay, Jamie est enlevé par Carrie, ce qui rapprochera le couple et encore une fois c'est Dan qui va les aider en retrouvant son petit-fils.

- Quentin va beaucoup aider Nathan avec le basket, il va même s'occuper de Jamie. La bande sera choqué lorsque ce dernier se fera tuer dans une station de service par Xavier qui s'avérait être l'agresseur de Brooke un soir alors qu'elle se trouvait dans sa boutique. Après ça et quelques aventures désastreuses, Nathan parviendra à se faire recruter par une équipe de D-League, les Charleston Chiefs où il rentre en conflit avec deux autres joueurs avant de devenir amis avec eux. Alors que Nathan est chez les Bobcats, ayant atteint son but de la NBA, une femme, Renée fait croire au monde entier que Nathan est le père de son enfant tandis que ce dernier affirme n'avoir jamais couché avec elle. Après que l'affaire a été médiatisé, c'est finalement Dan qui fera dire la vérité à Renée et démentir la chose. Si pour lui, tout va bien, Haley de son côté doit affronter la mort de sa mère, après un cancer et tombe dans une dépression qui la conduira à deux tentatives de suicide. Lors d'un voyage dans l'état de l'Utah avec sa bande d'amis, elle commencera à sortir de sa dépression et apprendra qu'elle est enceinte.

- Nathan tentera de convaincre Haley de venir vivre à Charlotte avec Jamie pour son nouveau contrat. Cependant cette dernière refuse car elle ne veut pas bouleversé une nouvelle fois la vie de Jamie qui a pas mal souffert mais elle promet à Nathan de venir le voir autant que possible. Il découvrira ensuite que son dos est abimé et qu'il risque de retourner en fauteuil s'il continue le basket, il va devoir prendre une décision. Après avoir découvert que son beau-frère/ami et sa belle sœur, Clay et Quinn ont été agressé par arme chez eux, il décide de rentrer chez lui pour soutenir sa famille. Alors que Quinn sort du coma, l'état de Clay se détériore à tel point que sans greffe de rein, il mourra, Nathan veut alors lui donner un rein mais n'est pas compatible, finalement, après une greffe, Clay s'en sort presque indemne. Après une longue discussion avec Julian, le mari de Brooke, Nathan décidera d'arrêter sa carrière de basketteur pro pour devenir agent sportif avec Clay.

- Nathan deviendra père pour la seconde fois avec la naissance de sa fille, Lydia Scott, en mémoire de la mère d'Haley. Il songe alors à se réconcilier avec son père mais se rend compte qu'il ne peut pas lui pardonner le meurtre de Keith. Il lui rend cependant visite et lui donne la première balle de baseball de Jamie et une photo de Lydia pour faire avancer les choses. Lorsque Clay tombe malade (des insomnies et du somnambulisme) Nathan décide de se rendre en Europe à sa place pour repérer des grands joueurs. Dan, qui a alors été accueilli chez Nathan par Haley après que son restaurant est brulé promet à Nathan de prendre soin de sa famille pendant son absence mais ce dernier n'est pas enclin à tout ça, ne voulant pas de lui dans sa vie. De retour à Tree Hill après une semaine en Europe, Nathan est enlevé à l'aéroport. Lorsqu'il apprend qu'il a été enlevé parce qu'il a échoué à faire signer un joueur, Nathan rentre en conflit avec son kidnappeur, Dimitri. Après une tentative d'évasion, il est rattrapé et pense mourir, lorsque son père, Dan, Chris et Julian, volent à sa rescousse. Son père prendra même une balle pour lui, pour le protéger et succombera à ses blessures, non sans s'être réconcilié avec Nathan.

- Environ 6 ans plus tard, Jamie est entrée dans l'équipe des Ravens où son maillot rejoint celui de son père accroché en haut des gradins, Jamie a d'ailleurs battu les records de son père. Nathan ne peut qu'être fier de lui, de ce qu'il est devenu.

Une nuit bien sombre, alors que Nathan observait le ciel et les étoiles, il vit apparaitre une lune rouge et puis pouf du jour au lendemain il fut envoyé dans un nouveau monde. Il se trouve dans cette ville depuis le 1er Janvier 2024, heureusement pour lui il n'a pas été séparé de sa femme trop longtemps puisqu'il la retrouva assez rapidement. Malheureusement il n'a pas encore retrouvé ses enfants ni ses amis. Ici comme dans son monde d'origine, Nathan est devenu agent sportif. Cette ville est différente de Tree Hill mais il s'y fera tant qu'il retrouve les personnes qu'il aime le plus.