Virginia Potts est une femme brillante. Ayant obtenu un BA en comptabilité, elle s’oriente pourtant dans sa jeunesse comme mannequin professionnel avant de rapidement comprendre qu’elle désire davantage de défis dans son quotidien que de simplement faire la une des magazines. Elle quitte donc le monde du mannequinat pour se lancer dans une carrière d’entreprise. Elle est tout d’abord engagée par Aldrich Killian, fondateur et PDG d'Advanced Idea Mechanics. Cependant, Virginia ne se sent pas à sa place dans l’entreprise car Killian ne cesse de flirter avec elle. Elle démissionne alors de son emploi et se fait ensuite embaucher par Star Industries où elle travaille tout d’abord comme assistante administrative dans le service financier. Un jour, elle découvre une erreur de chiffres dans les projections et en fait alors part à son superviseur. Mais ce dernier décide de ne pas le relever. Loin d’être découragée, Virgnia tente ensuite d’en faire part au directeur général, mais celui-ci aussi a choisi de ne pas y prêter attention. Alors, elle décide d’aller voir en personne le PDG de l’entreprise, à savoir le célèbre Tony Stark. Lorsque la sécurité tente de l’éloigner, Virgnia rétorque qu’elle a du gaz poivré dans son sac. Impressionné par ses actions, Tony lui donne alors le joli surnom de « Pepper » par lequel elle sera désormais connue de tous. Tony lui propose également de devenir son assistante personnelle, ce qu’elle accepte. C’est ainsi que Pepper commence à travailler pour Tony.

Quelque temps plus tard, Tony doit se rendre en Afghanistan pour une démonstration du nouveau missile Jericho produit par Stark Industries. Mais Tony est enlevé par une organisation appelée les Dix Anneaux, laissant son entourage dont Pepper sans nouvelles pendant trois mois.

Lors de son retour, Pepper n’a pas pu dissimuler sa joie en le retrouvant vivant, les yeux légèrement rouges. Alors que Pepper lui suggère de consulter un médecin, ce dernier insiste pour qu’elle organise immédiatement une conférence de presse et demande également un cheeseburger. Lors de la conférence, Pepper est approchée par l’agent Phil Coulson du S.H.I.E.L.D qui souhaite s’entretenir avec Tony. Pepper lui promet d’arranger cela dans le mois, tandis que Tony annonce publiquement qu’il souhaite arrêter la production d’armes après avoir été témoin de ce que les terroristes en font avec ses propres armes, laissant tout le monde sous le choc. Tony lui demande peu après de l’aider à remplacer son réacteur arc Mark I par un meilleur modèle. Bien que dégoûtée, elle parvient à le lui retirer tout en lui disant de ne plus jamais lui demander de faire un truc pareil. Tony lui avoue alors qu’il n’aurait pas pu demander cela à quelqu’un d’autre, car il n’a qu’elle, renforçant ainsi leur lien. Tony lui dit ensuite qu’elle peut jeter l’ancien réacteur. À la place, Pepper le conserve et le met dans un cadre tout en faisant graver dessus « La preuve que Tony Stark a un cœur ».
Puis quelques jours plus tard en venant le voir dans son atelier, Pepper découvre que Tony semble fabriquer de nouvelles armes, ce à quoi Tony nie assurant travailler sur stabilisateur de vol inoffensif. La situation devient quelque peu critique lorsque Obadiah Stane, qui avait repris Stark Industries à la mort d’Howard car Tony était trop jeune à l’époque, fait part à Tony que le conseil d’administration souhaite le virer car il semble souffrir de stress post-traumatique. Tony refuse et repart travailler sur son nouveau projet.
 
Pepper finit par découvrir en quoi consiste le nouveau projet de Tony qui se révèle être une sorte d’armure. La jeune femme lui demande alors d’arrêter sa guerre avec les Dix Anneaux car il allait finir par être tué autrement et qu’elle démissionnerait. Tony parvient néanmoins à la convaincre, insistant sur le fait que c’est la chose à faire. La situation prend ensuite un tournant inquiétant lorsque Tony et Pepper découvrent que c’est Stane qui est derrière l’organisation des Dix Anneaux et qui avait planifié l’enlèvement de Tony. Ayant récupéré l’armure qu’il avait construit en Afghanistan pour s’échapper, Stane l’a fait améliorer et tente de tuer à la fois Pepper et Tony. Fort heureusement, Tony parvient à l’arrêter et lors d’une nouvelle conférence de presse, il avoue être Iron Man.

Quelques temps plus tard, alors que la société est au point mort, Pepper est promue par Tony PDG de Stark Industries. Ravie, elle accepte et porte un toast avec lui, ignorant cependant que Tony a développé des complications terminales à cause des effets secondaires toxiques du palladium son arc réacteur, raison pour laquelle il l’a choisi comme PDG de Stark Industries. Pepper s’emploie alors à lui trouver une nouvelle assistante et son choix se porte sur la mystérieuse Natalia Rushman, qui est en réalité un agent du S.H.I.E.L.D envoyé par Fury pour le seconder et l’aider à se relever. Pensant que rien ne peut empêcher sa mort, Tony décide d’en profiter à fond en pilotant à Monaco sa voiture de course, puis en faisant plus tard la fête chez lui pour son anniversaire. Son meilleur ami le colonel Rhodes tente de l’arrêter en lui volant l’une de ses armures et les deux se livrent un combat dans la villa de Tony. Alors que tout le monde perd confiance en lui, Nick Fury l’approche, révélant également la véritable identité de Natalia et exige de lui qu’il trouve un remède à son problème. Grâce aux archives de son père, notamment une vidéo où Howard confie que Tony est sa plus grande réussite dans la vie, il retrouve confiance en lui et parvient à créer un nouvel arc réacteur qui ne le nuit plus. Lors de la Stark Expo où Justin Hammer présente les nouvelles armures, la fête prend une mauvaise tournure lorsque les armures sont détournées, mais une fois encore Tony parvient à arrêter la menace. Pepper apprend alors qu’il était mourant jusqu’à peu et alors qu’ils se disputent, ils finissent par s’embrasser, admettant chacun leurs sentiments respectifs.
 
Environ deux ans plus tard, le S.H.I.E.L.D se fait dérober le Tesseract en sa possession depuis la fin de la Seconde Guerre mondiale par un certain Loki, venu du même monde que le demi-dieu Thor. Étant au courant du projet initiative des Avengers, Pepper encourage Tony à prêter main forte au S.H.I.E.L.D tandis qu’elle doit se rendre à Washington. À bord de l’avion, elle assiste en direct à l’invasion des Chitauri qui est heureusement arrêté grâce aux Avengers, nouvellement formé dont Tony en fait partie.
Loki étant également arrêté, Tony et Pepper retournent en Californie après que les Avengers se sont momentanément séparés. Et alors que Noël approche, une nouvelle menace vient compromettre la vie de couple de Pepper et Tony, déjà fragilisée par le fait que ce dernier souffre de stress post-traumatique après l’invasion des Chitauri. La villa de Tony est attaquée par des hélicoptères et Tony est laissé pour mort, tombé dans l’océan. Pepper, de son côté, est kidnappée par Aldrich Killian qui souhaite se venger de Tony. Mais Tony est bien vivant et après réparé son armure et s’être soigné, il vient sauver Pepper ainsi que le président qui a été également kidnappé. Pepper demande ensuite à Tony de détruire toutes ses armures et d’arrêter définitivement.
 
Bien que leur relation s’est renforcée et améliorée, Tony et elle se sont pourtant disputés peu après les évènements d’Ultron, les amenant à faire une pause dans leur relation. Durant ce temps, Tony s’est davantage consacré aux Avengers et a dû gérer la crise lorsqu’une guerre civile entre eux a éclaté, une partie refusant d’adhérer aux accords de Sokovie, mené par Steve Rogers. Ayant recruté un jeune adolescent du nom de Peter Parker, Tony le prend sous son aile afin de l’inclure comme nouveau membre des Avengers. Tony et Pepper finissent par se remettre ensemble et Tony la demande par la même occasion en mariage. Émue, Pepper accepte. Tandis que la moitié des Avengers sont devenus des hors-la-loi, Tony et elle planifient leur mariage et parlent même d’avoir un enfant. Pepper rétorque cependant que pour qu’ils aient un enfant, Tony doit définitivement abandonner l’armure. Ils sont alors interrompus par un certain Strange accompagné de Bruce Banner, un membre des Avengers leur annonçant la venue de Thanos, une menace à échelle galactique. Tentant de le raisonner, Pepper découvre cependant que Tony s’est embarqué à bord d’un des vaisseaux spatiaux ayant débarqués sur Terre. 23 jours s’écoulent sans aucune nouvelle de lui. Pepper se rend alors au complexe des nouveaux Avengers et grâce à l’aide de Captain Marvel, elle retrouve finalement Tony sain et sauf, mais complètement épuisé. Les Avengers ayant perdu face à Thanos, Tony et elle tournent définitivement la page et partent s’installer dans une jolie maison en bois au bord d’un lac où ils se marient et ont finalement une fille ensemble qu’ils nomment Morgan.

Tony développe un fort lien avec sa fille et tous les trois vivent heureux. Pour Tony et Pepper malgré la disparition de 50% des êtres vivants de l’univers après le claquement de doigts de Thanos, il s’agit là d’une seconde chance. Mais tout est remis en cause lorsque Steve, Natasha et Scott viennent frapper à sa porte pour lui demander son aide, ayant trouvé le moyen d’inverser le sort. Refusant d’abord, Tony parvient cependant à trouver le moyen de voyager en toute tranquillité à travers le temps grâce à un GPS. Bien que réticent dans un premier temps, car refusant de prendre le risque de tout gâcher ce qu’ils ont construit au cours des 5 dernières années, Pepper l’encourage cependant en sachant qu’il ne pourra pas se reposer en sachant qu’il peut faire quelque chose. De plus, Pepper admet qu’essayer de l’arrêter à a été son plus grand échec au cours de leur relation.
Puis lors de la bataille finale contre Thanos, Pepper enfile l’armure que Tony lui avait fait construire et vient combattre à son tour sous le nom de Rescue. Les Avengers parviennent à prendre le dessus sur l’armée de Thanos. Cependant, ce dernier se saisit du gant de l’Infini et s’apprête à nouveau à claquer des doigts, mais Tony parvient à le lui ravir. Il claque alors des doigts pour éliminer définitivement Thanos et son armée. Mais ce geste lui coûte la vie et Tony meurt héroïquement sous les yeux de Pepper qui le rassure en lui disant qu’il peut se reposer à présent, car ils iront bien.
 
Bien que bouleversée, Pepper reste forte pour leur fille Morgan. Avec l’aide d’Happy, elle continue de l’élever. Mais quelques mois après les funérailles de Tony, Pepper aperçoit une nuit une étrange lune rouge dans le ciel qui la conduit dans un monde nouveau et inconnue. Dans un premier temps, elle tente de trouver le moyen de rentrer chez elle, désespérée de laisser Morgan toute seule. Puis comprenant que c'est impossible, elle fait de son mieux pour s'adapter à ce nouveau monde. Rapidement, elle trouve un emploi comme comptable dans une grande entrerprise, reprenant un poste similaire à celui qu'elle avait autrefois chez Stark Industries avant de devenir l'assistante de Tony puis la PDG. En parallèle, elle découvre que les personnes censées être mortes dans leurs mondes reviennent à la vie ici parfois. Pepper garde alors l'espoir de revoir un jour sa famille.