Depuis tout petit, Minato souhaitait devenir un grand Hokage pour obtenir la reconnaissance de son village et être admiré de tous. C'est à l'académie ninja qu'il y rencontre sa future femme, Kushina Uzumaki. On l'avait fait venir à Konoha pour devenir le réceptacle de Kyûbi.
À cette époque, Kushina trouvait que Minato n'avait pas le profil et qu'il ressemblait à une fille avec un visage floconneux. Quant à Kushina, elle devient le sujet de moqueries des garçons en raison de ses cheveux rouge et de son visage rond. De plus, les garçons n'avaient pas apprécié qu'elle convoite le titre d'Hokage, étant donné qu'elle n'est pas originaire de Konoha. Comme ce n'est pas dans son tempérament de se laisser faire, la jeune fille mit une raclée à tous ceux qui se moquaient d'elle, héritant du fameux surnom « Habanero la sanglante ». Minato, de son côté, a immédiatement été fasciné par elle et ses cheveux roux. Mais en ce temps, il était trop timide pour lui adresser la parole et l'observer à distance.
Un jour, Kushina fut enlevée par des ninjas de Kumo pour son chakra spécial. Minato fut le seul à la retrouver et à la sauver. Il en profita alors pour lui avouer qu'il a toujours admiré sa chevelure rousse. Et lorsqu'elle lui demanda pour quelle raison il ne l'aidait jamais, il lui répondit que c'était parce qu'il savait qu'elle était forte. En revanche, il refusait de la perdre dans un conflit avec d'autres nations. C'est à partir de ce jour-là que le regard de Kushina pour lui change. Tous les deux tombent alors profondément amoureux.

Formé par Jiraya, l'un des trois ninjas légendaires, il démontre rapidement des qualités exceptionnelles. Tout le monde reconnut alors son talent et il devient un ninja de classe supérieure à un jeune âge. Il perfectionnae la technique de très haut niveau du Second Hokage, « le Dieu du tonnerre volant », qui est à la fois de type déplacement instantané et de type maîtrise de l'espace-temps. Cette technique lui vaut son surnom de « L’éclair jaune de Konoha » et qui consiste à se téléporter à l'endroit où l'on souhaite après y avoir apposé une marque. Généralement, Minato utilise cette technique en y posant la marque sur des kunais spéciaux. C'est également lui qui est le créateur de l'orbe tourbillonnante qu'il enseigne à son maître Jiraya qui l'enseignera à son tour des années plus tard à Naruto, le fils de Minato. Jiraya lui apprend également à invoquer les crapauds du mont Myoboku en signant le pacte de son sang. Enfin, il peut également passer en mode ermite (Senjutsu) mais sur un temps très limité. Son fils Naruto le surpassera à ce niveau-là, en faisant preuve d'un meilleur contrôle.
Selon Jiraya, Minato est le genre de prodige qui n'apparaît qu'une seule fois par décennie.
En outre, il apprit également l'art du Fûinjutsu par Kushina dont son clan maîtrise cette technique depuis bien longtemps. Enfin, il est capable de sentir la présence d'ennemis aux alentours juste en posant le doigt au sol.

En tant que ninja de classe supérieure, il forme à son tour de jeunes ninjas en les personnes de Rin, Kakashi et Obito. Kakashi deviendra plus tard le célèbre ninja copieur et sera plus tard le maître de Naruto. C'est Minato qui enseigne à Kakashi l'importance du travail d'équipe et de ne pas abandonner ses camarades derrière soi. Malheureusement, les débuts furent difficiles entre Kakashi qui préférait agir seul et Obito, membre du fameux clan Uchicha mais considéré comme un raté et qui n'en faisait qu'à sa tête.

À un certain moment, Minato et Kusina se marient et vivent ensemble. Puis la troisième Grande Guerre Ninja éclate et Minato en compagnie de son équipe, doit effectuer plusieurs missions afin de mettre un terme au plus vite aux conflits ravageurs. Cette guerre sera malheureusement connue pour être la plus meurtrière dans l'histoire des shinobis. Le conflit s'éternise sur plusieurs années, rendant chaque nation plus vulnérable au fur et à mesure du temps. Finalement, c'est au cours d'une mission décisive que Minato parvient à y mettre un terme. Tandis que son équipe sabote un pont permettant à l'ennemi de se ravitailler, lui part directement au front afin de faire diversion. À lui tout seul, grâce à sa puissante technique de téléportation, il parvient à tuer un millier d'ennemis. Mais cette victoire, qui permet finalement de mettre un terme à la guerre, a un lourd sacrifice. En effet, l'un de ses élèves Obito perd officiellement la vie pour sauver celle de Kakashi. Étant occupé sur le champ de bataille, Minato n'a pas le temps de le sauver et arrive ainsi trop tard.

Bien que grand vainqueur de la Troisième Grande guerre ninja, Konoha est affaiblie et la victoire a davantage le goût d'une défaite. C'est dans une ère de paix fragile que le Troisième Hokage décide alors de passer le flambeau. Il nomme ainsi Minato le Quatrième Hokage. Réalisant son rêve à seulement 22 ans, Minato est acclamé à l'unanime, bien que certains pensent qu'il n'a pas la carrure nécessaire pour le poste de Kage, notamment au fait qu'il soit très jeune encore. Mais grâce au soutien de ses proches, le jeune homme prend très à cœur son nouveau rôle.

Une nuit, Minato se réveille et aperçoit alors dans le ciel une étrange lune rouge. L’instant suivant, il se retrouve dans un monde qui lui est totalement inconnu. Se retrouvant seul et devant surtout s’adapter à un monde où la technologie domine, Minato ne peut que compter que sur sa détermination et sa grande force morale. Bien que dépassé par ce monde contemporain, le ninja parvient à suivre une formation pour devenir agent de police. Bien qu’incapable désormais d’utiliser son chakra et toutes ses techniques ninja, Minato demeure tout de même un excellent combattant avec de très bons réflexes, lui permettant de réussir haut la main l’examen final. À côté de cela, il prend des cours d’informatique et se met régulièrement au parfum. Il n’abandonne pas ainsi l’idée de revoir un jour les personnes qui lui sont chères. Ses excellents résultats, l’expérience emmagasinée en tant que ninja sur le champ de bataille ainsi que ses très bonnes aptitudes de combat et de réflexion, lui permettent de gravir rapidement, comme autrefois dans la hiérarchie du ninja, les échelons et il est promu capitaine des forces de police à Raccoon. Une position très confortable, étant donné son jeune âge, qui lui permet d’effectuer régulièrement des recherches sur ses proches.