Konohamaru fait partie du clan Sarutobi dont les parents font partie de l’Anbu  (unité des forces spéciale qui servent de garde personnel des kages). Bien que ce soient ses parents qui l’aient élevé, il est toujours vu comme le petit-fils du 3ᵉ Hokage de ce fait, les habitants de Konoha ne l’appellent jamais par son prénom, mais “l’honorable petit-fils”. Le jeune Sarutobi veut en conséquence battre Hiruzen, son grand-père afin d’être reconnu comme une personne et devenir le successeur de ce dernier.

Alors qu’il est à l’académie, on l’aperçoit déboulé dans le bureau de son grand-père, comme toujours pour combattre celui-ci et lui succéder. Toutefois, Konohamaru trébuche et accuse Naruto comme responsable de sa chute. Après quoi, le garçonnet apprend que le jeune Uzumaki a vaincu le 3ᵉ hokage à l’aide du sexy-méta de ce fait, celui-ci lui demande de l’entraîner. Après l’acceptation de l’hôte de Kyubi, ils deviennent amis. Seulement, l’influence négative de Naruto sur le jeune Sarutobi inquiète Ibisu qui tente alors de les séparer. Cependant, il finit par voir différemment l’hôte lorsque Ibisu vit les progrès de Konohamaru.

Lors de l’examen Chunin, le jeune Sarutobi avec sa classe au moment des Hokages où Iruka lors donna un petit cours d’histoire sur ce sujet-là. Son grand-père apparut et ce qu’il dit concernant les personnes qui lui sont chères fit sourire le petit garçon. Plus tard, on peut voir le jeune Sarutobi aider Naruto à prendre un raccourci afin qu’il se rende à l’épreuve finale, cependant cela lui fit perdre du temps et ils arrivèrent tout juste à destination. C’est lors de l’invasion de son village que Konohamaru perdit son grand-père alors que ce dernier avait été évacué. On peut le voir assister à l’enterrement du 3ᵉ Hokage où il est consolé par Iruka.

Le jeune Sarutobi est très affecté par la mort d’Hiruzen au point que lorsqu’il apprit que c’était Tsunade qui allait succéder à son grand-père, il craignait qu’elle soit indigne de porter ce titre-là. Kono pensait même que tout ce qu’avait accomplis son grand-père au village serait oublié. Le petit garçon en vint même à empêcher tout le monde d’entrer dans le bureau de l’Hokage. Pourtant, la femme y entra de force et lui prouva qu’elle était digne d’être la successeuse du 3ᵉ Hokage.

Deux ans et demi plus tard, Konohamaru est sorti de l’académie et fait partie de l’équipe d’Ibisu en compagnie de Moegi et Udon en tant que genin. Alors que Naruto est de retour à Konoha, Le jeune Sarutobi lui montre ses progrès dans sa technique de sexy-méta. L’hôte de Kyubi lui avoua qu’il n’était plus un enfant et cependant, il s’apprêta à lui montrer lorsque Sakura intervenu. Elle frappa celui-ci, ce qui fit peur à Kono et ses coéquipiers. Lors de l’attaque de l’équipe Furido, ils eurent une mission de rang A qui consiste à mettre les villageois de Konoha en lieu sûr. Plus tard, on peut voir l’adolescent assister à l’enterrement de son oncle, Asuma qui fut tué par un membre de l’Akatsuki.

Lors de l’invasion de Pain, Konohamaru est chargé de mettre les villageois en lieu sûr et finit même par assister à une scène à laquelle un shinobi fut vidé de son énergie vitale par l’ennemi. Il n’eut pas le temps de s’échapper que Pain le repéra et c’est Ibisu qui intervint pour le sauver, ce qui lui permit de partir. Cependant, le jeune Sarutobi ne resta pas très loin et finit même par combattre le méchant. Il le vainquit à l’aide de ses clones et d’un orbe tourbillonnant. Lorsque Nagato qui n’est autre que le vrai Pain fut complètement anéanti, on peut voir Konohamaru célébrant la victoire de Naruto en tant que héros de Konoha.

Durant la quatrième grande guerre ninja, Konohamaru assiste à un conseil des forces de sécurité restée à Konoha et lorsque celui-ci fut terminé, il rassembla les genin pour les combats qu’ils pourraient rencontrer. Le jeune Sarutobi fut comme tous les autres fut victime du genjutsu Tsukuyomi infini et capturé par les racines de Jubi pour finalement être sauvé par Naruto et Sasuke.

Les années passèrent, Konohamaru devint alors junin, mais aussi un professeur de l’académie par après. Il assista à l’investiture de Naruto qui devint le 7ᵉ hokage. Cependant, il y va sous la forme d’un clone de l’hôte de Kyubi à la demande de Shikamaru étant donné que le jeune Uzumaki a été assommé par sa fille Himawari. Il faut savoir qu’il a toujours considéré Boruto, le fils de Naruto comme un petit frère et il n’hésitera pas à le réprimander comme le jour de la rentrée du jeune Uzumaki. Celui-ci avait endommagé le moment des Kages et c’est d’ailleurs à partir de ce moment-là que Kono le prévient qu’il doit l’appeler Senseï dorénavant.

Lors de l’examen de fin d’étude des élèves de l’académie, le jeune Sarutobi est chargé de surveiller la partie pratique en compagnie de Kakashi Hatake, Anko Mitarashi et Shino. Celui-ci a un marqueur spécial qui tout comme les autres, s’il est touché lors d’un combat, Konohamaru sera éliminé. Ce dernier n’eut aucun mal à vaincre ses adversaires dans un premier temps puis Sarada l’a piégée et donc éliminé avec un genjutsu en prenant l’apparence de Boruto.

Une fois que les académiciens fut promu genin, le Senseï fut désigné pour prendre en charge l’équipe trois composés de Sarada Uchiha, Boruto Uzumaki et Mitsuki. Deux d’entre eux, Sarada et Boruto ne sont pas satisfaits de cela et essayèrent d’aller en parler à l’Hokage. Ils furent interrompus par Miraï, la cousine de Konohamaru qui leur bloque le chemin. Un combat s’engagea entre Miraï et les deux genins et l’homme rattrapa la jeune Sarutobi avant qu’elle tombe dans le ravin. Finalement, Naruto autorisa un changement dans l’équipe, mais ce fut simplement le numéro qui passa de trois à sept.

La première mission de l'équipe est de rang D et consiste à aider des villageois de rive-verte qui ont été attaqués pour leur récolte. Les attaquants sont en réalité des shinobi, une information qui avait été dissimulée. Le senseï n'eut pas le temps de prendre une décision concernant la continuité de la mission qu'il doit sauver Boruto. En effet, le village a été attaqué par des ninjas déserteurs et Konohamaru pense qu'on lui cache autre chose. Il interrogea Kiri, mais tout dégénéra et le villageois fut enlevé. Tout finit birn et ils accomplissent la mission et retournèrent à Konoha.

Konohamaru et ses élèves accomplissent beaucoup de missions toute plus passionnante les unes que les autres. Plus tard, on peut voir le senseï en compagnie de Naruto apprennent que Mitzuki est parti du village. Ce fut volontairement malheureusement puisque c'est avec des ennemis qu'il est. C'est à partir de ce moment-là que ce dernier apprit par l'Hokage que son élève est le fils d'Orochimaru. Suite à cela, Mitzuki est considéré comme une menace.

Kono demanda alors pour participer aux recherches, ce que l'Uzumaki refuse tout simplement parce que ses émotions. Déçu, le senseï repart et c'est là que ce dernier voit la lune rouge. À son réveil le lendemain, il n'est plus dans son monde et aucun ninja de Konoha n'est présent. Cela fait maintenant quatre ans, il a réussi à s'adapter tant bien que mal et est devenu un agent de renseignement pour la police.