Merlin était l'ami de Morgana. Lorsqu'elle l'a vu utiliser la magie, elle lui a assuré que son secret était bien gardé. Ils ont vécu des aventures avant qu'ils ne deviennent des Némésis. Morgana était l'une des rares personnes à sympathiser avec les utilisateurs de la magie. Merlin avait le béguin pour elle, mais cela, s'est estompé avec le temps. Mais lorsque Morgana a tenté d'assassiner Uther, Merlin semble avoir perdu confiance en elle et en leur amitié. Lorsque la magie de Morgana s'est manifestée, il a voulu l'aider, sympathisant avec sa situation, mais à décider de ne pas lui révéler son secret. Merlin l'a envoyé chez les Druides et à son retour, lui a assurer à son tour, que son secret était en sécurité avec lui. Après que Morgana se soit alliée à Alvarr et Mordred pour comploter contre Camelot, leur amitié à prix un nouveau tournant. Merlin a appris que Morgana et Mordred étaient destinés à former une alliance contre Camelot. Puis Merlin en est venu à l'empoisonner, pour forcer Morgause à abandonner son attaque. Profondément trahi par les actions de Merlin, la sorcière n'a pas accepté son réconfort alors qu'elle était en train de mourir. A son retour, bien vivante, Morgana lui a fait croire qu'elle comprenait son geste et lui demande pardon, mais en réalité, c'était un stratagème pour détourner les soupçons et elle l'a conduit dans un piège pour que Morgause le tue. Merlin a survécu, mais elle l'a menacé de parler de sa tentative d'assassinat à Uther s'il disait ce qu'il savait. C'est ainsi qu'ils sont devenus des ennemis, bien que Merlin est tenté de raisonner, tenter de sympathiser avec elle. Il était triste de voir ce qu'elle était devenue, mais elle l'a rejeté. Avec le temps, il est devenu plus impitoyable avec Morgana, mais elle aussi. Elle l'a détesté, a chercher à le tuer et après avoir appris d'Emrys était son destin, elle a entrepris tous les moyens pour savoir qui il était, ne sachant pas qu'il s'agissait alors de Merlin en personne. Il est d'ailleurs celui qui l'a tuer durant la bataille de Camlann et Merlin se blâme lui-même pour ce qu'elle est devenue.