Molly Hooper était médecin légiste au St. Bartholomew's Hospital, cela fait bizarre pour certain d'un boulot pareil, mais elle aime son travail. Elle vit seule avec son chat Toby, ce n'est pas si mal, même si la présence d'un homme ne serait pas déplaisant. C'est à son travail qu'elle fit la rencontre de Sherlock Holmes et elle a rapidement développé pour lui des sentiments amoureux. Malgré ses tentatives, il ne semblait pas la remarquer. On ne peut pas dire qu'elle ai eu beaucoup de chance en amour. Elle a commencé à sortir avec Jim, beau, charmant, malheureusement il s'agissait de Moriarty à croire qu'elle s'attachait à des hommes peu fréquentable.
Elle n'oublierait pas ce noël de si tôt, elle s'était fait belle pour aller à Baker Street et avait même apporté un cadeau, mais évidement ce fichu détective n'a fait que souligné ses défauts par rapport à sa tenue avant de se rendre compte que le cadeau était pour lui. Il fallait toujours qu'il dise des choses terribles pourtant, il s'était excusé. Noel n'est pas de tout repos, elle se retrouve à examiner un corps le soir même, celui d'Irene Adler d'après ce qu'on raconte, elle se dit que c'est peut être la petite amie du détective, mais elle n'en saura pas plus.
Il se passe à nouveau des choses graves, et elle ne manque pas de remarquer que Sherlock a l'air triste et elle commence à lui parler de son père qui avait agit de la même façon quand il savait qu'il allait mourir. Elle est convaincu qu'elle ne compte pas, peut être qu'au fond elle accepte l'idée. Plus tard, il revient, elle lui demande de quoi il a besoin, il lui répond qu'il a besoin d'elle. C'est ainsi qu'elle va l'aider à simuler sa mort et garder le secret.
Deux ans se sont écoulés et Molly est aujourd'hui fiancé à Tom, elle pensait être heureuse, avoir trouvé enfin l'homme de sa vie. Puis voila Sherlock qui revient et l'entraine dans une enquête car il serait fâché avec John, elle l'aide dans l'affaire. Plus tard, elle se retrouvé réuni avec tout le monde à Baker Street et présente son fiancée, sans être consciente réellement qu'il ressemble au détective. Elle est invité au mariage de John et Marie, mais se sent embarrassé par Tom, finalement peu de temps après cet événement, elle rompt ses fiançailles, peut être que ce n'était pas le bon finalement. Quelques temps après, John amène Sherlock, car celui ci semble reprendre ses vieilles habitudes de toxicomane, elle n'hésite pas à s'énerver contre lui et va jusqu'à le gifler ne comprenant pas son comportement.
Molly a fini par développer une certaine amitié avec Mary Watson, elle accepte même de devenir la marraine de la petite Rosie. Malheureusement son amie perd la vie et Molly aide John à s'occuper de Rosie.
Elle ne comprend pas pourquoi, elle continue à s'attacher à Sherlock, alors qu'il semble faire n'importe quoi, il a manqué de se tuer à se droguer, d'ailleurs, elle lui a dit que ce n'était pas un jeu. Un jour alors qu'elle passait une mauvaise journée, elle reçoit un appel de Sherlock. Il lui dit qu'elle doit lui dire les mots je t'aime, elle lui dit qu'elle n'est pas une expérience et qu'elle ne peut pas lui dire, car c'est la vérité. Elle lui demande de le dire en premier et finalement elle prononce ces mots.
Peu de temps après, elle se retrouve transporté dans cette ville à travailler dans la morgue de cet hôpital, elle ignore ce qui se passe. Finalement, c'est un nouveau départ et sûrement le moment de passer à autre chose.